公司未设全勤奖却扣工资，合法吗？

不合法，迟到不能作为扣工资的理由，除非公司有合法合理的规章制度。依据《劳动合同法》，规章制度需内容合法、程序合法，缺乏合理性的制度影响合法性，且不能违背最低工资等法规，否则扣工资行为违法，可能导致员工权益受损，引发劳动争议。
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不合法。处理方式如下：1.与公司沟通，要求解释扣工资依据，提出异议；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、考勤记录等；3.向劳动监察部门投诉，请求介入调查；4.必要时申请劳动仲裁，维护自身权益；5.如仲裁不满，可依法提起诉讼。
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处理方式有协商、投诉、仲裁多种。可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；选择时需考虑效率与成本，投诉快速但可能效果有限，仲裁权威但需时间与费用。